Key info


Date:
15 September 2020

Authors:
Oliver J. Watson, Mervat Alhaffar, Zaki Mehchy, Charles Whittaker, Zack Akil, Mazen Gharibah, Imperial College COVID-19 Response Team,  Francesco Checchi,  Neil Ferguson, Azra Ghani1, Emma Beals, Patrick Walker1, Anonymous Authors2  

1Correspondence:
a.ghani@imperial.ac.uk and patrick.walker06@imperial.ac.uk

2Anonymous Author Acknowledgements
We would also like to acknowledge the input of a dozen Syrian doctors, health officials, epidemiologists and academics who were instrumental in this analysis. They have significantly guided the study and should be considered as contributing authors but have requested to be acknowledged anonymously for security reasons.

Imperial College COVID-19 Response Team
Kylie Ainslie, Marc Baguelin, Samir Bhatt, Adhiratha Boonyasiri, Olivia Boyd, Nicholas F Brazeau, Lorenzo Cattarino, Giovanni Charles, Constanze Ciavarella, Laura V Cooper, Helen Coupland, Zulma M Cucunuba, Gina Cuomo-Dannenburg, Bimandra A Djaafara, Christl A Donnelly, Ilaria Dorigatti, Oliver D Eales, Sabine L van Elsland, Fabricia F Nascimento, Richard G FitzJohn, Seth Flaxman, Alpha Forna,, Han Fu, Katy A M Gaythorpe, William D Green, Arran Hamlet, Katharina Hauck, David Haw, Sarah Hayes, Wes Hinsley, Natsuko Imai, Benjamin Jeffrey, Robert Johnson, David Jorgensen, Edward Knock, Daniel J Laydon, John A Lees, Thomas Mellan, Swapnil Mishra, Gemma Nedjati-Gilani, Pierre Nouvellet, Lucy C Okell, Daniela Olivera, Margarita Pons-Salort, Manon Ragonnet-Cronin, Igor Siveroni, Isaac Stopard, Hayley A Thompson, H Juliette T Unwin, Robert Verity, Michaela A C Vollmer, Erik Volz, Caroline E Walters, Haowei Wang, Yuanrong Wang, Lilith K Whittles, Peter Winskill, Xiaoyue Xi

Download the full PDF for Report 31 See all reports

WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA), London School of Hygiene and Tropical Medicine, London School of Economics, Google, European Institute of Peace and the Middle East Institute.

Summary

The COVID-19 pandemic has resulted in substantial mortality worldwide. However, to date, countries in the Middle East and Africa have reported substantially lower mortality rates than in Europe and the Americas. One hypothesis is that these countries have been ‘spared’, but another is that deaths have been under-ascertained (deaths that have been unreported due to any number of reasons, for instance due to limited testing capacity). However, the scale of under-ascertainment is difficult to assess with currently available data. In this analysis, we estimate the potential under-ascertainment of COVID-19 mortality in Damascus, Syria, where all-cause mortality data has been reported between 25th July and 1st August. We fit a mathematical model of COVID-19 transmission to reported COVID-19 deaths in Damascus since the beginning of the pandemic and compare the model-predicted deaths to reported excess deaths. Exploring a range of different assumptions about under-ascertainment, we estimate that only 1.25% of deaths (sensitivity range 1% - 3%) due to COVID-19 are reported in Damascus. Accounting for under-ascertainment also corroborates local reports of exceeded hospital bed capacity. To validate the epidemic dynamics inferred, we leverage community-uploaded obituary certificates as an alternative data source, which confirms extensive mortality under-ascertainment in Damascus between July and August. This level of under-ascertainment suggests that Damascus is at a much later stage in its epidemic than suggested by surveillance reports. We estimate that 4,340 (95% CI: 3,250 - 5,540) deaths due to COVID-19 in Damascus may have been missed as of 2nd September 2020. Given that Damascus is likely to have the most robust surveillance in Syria, these findings suggest that other regions of the country could have experienced similar or worse mortality rates due to COVID-19.

All software code, data, supplementary tables, analysis scripts and figures are available in an R research compendium at https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment.

Translations

中文 - Mandarin

2020年9月15日

报告摘要31 - 估计未通报的COVID-19死亡率:以新数据源了解叙利亚大马士革的COVID-19传播动态之分析
COVID-19大流行已导致全球的大量死亡。但是,迄今为止,中东和非洲国家报告的死亡率大幅低于欧洲和美洲。其一种假设是这些国家“幸免于难”,而另一种假设是死亡人数未被确诊通报(由于多种原因未报告死亡人数, 例如检测能力有限)。但是,利用当前可获得的数据很难评估未通报的程度。在此分析中,我们估计了叙利亚大马士革的未通报COVID-19死亡,根据其自7月25日至8月1日之间报告的全因死亡率数据。我们采用COVID-19传播的数学模型来拟合自大流行开始以来大马士革报告的COVID-19死亡人数,并将模型预测的死亡人数与报告的额外死亡人数进行了比较。通过探索一系列有关未通报情形的假设,我们估计大马士革仅报告了1.25%(敏感性范围为1%-3%)的COVID-19死亡人数。这些关于未通报的解释亦证实了当地医院床位超标的报道。为了验证对流行动态的推断,我们利用社区上传的死亡证明作为替代数据源,这证实了大马士革在7月至8月之间有大量未通报的死亡。相较于监测报告,这样未通报的程度表明,大马士革的流行状态处于更后期的阶段。我们估计截至2020年9月2日,在大马士革有4,340例(95%置信区间:3,250-5,540例)因COVID-19导致的死亡可能被遗漏。鉴于大马士革可能拥有叙利亚最稳固的监测系统,这些发现表明该国其他地区可能有与大马士革相似或更严重的COVID-19死亡率。

所有软件代码,数据,附录表,分析脚本和图形包含于R研究纲要: https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment

日本語 - Japanese

2020年9月15日

レポート31概要 - 新型コロナウイルス感染症(COVID‐19)の死亡率に関する過小把握の推定:シリアのダマスカスにおけるCOVID‐19の動態について洞察を提供する新しいデータソースの分

COVID-19のパンデミックにより、世界中でかなりの数の人々が死亡しました。しかし、現在までのところ、中東やアフリカの国々では、欧州やアメリカ大陸に比べて死亡率が大幅に低いことが報告されています。これらの国が感染を「免れた」というのは1つの仮説ですが、死亡数が過小に把握されている(検査能力の限界など、様々な理由で報告されていない死亡数がある)という仮説もあります。しかし、現在入手可能なデータでは、過小把握の規模を評価することは困難です。本分析では、7月25日から8月1日までの間に全死因死亡率のデータが報告された、シリアのダマスカスでのCOVID-19による死亡率の過小把握の可能性を推定しています。私たちは、パンデミック発生以来、ダマスカスで報告されたCOVID-19による死亡者数にCOVID-19感染の数理モデルを当てはめ、モデルで予測された死亡者数と報告された過剰死亡者数を比較しました。過小把握に関する様々な仮定を検討した結果、ダマスカスではCOVID-19による死亡のわずか1.25%(感度範囲1%~3%)しか報告されていないことが推定されます。過小把握を考慮すると、病床数の超過に関する地域の報告も裏付けられます。私たちは、推定された流行動態を検証するため、代替データソースとしてコミュニティにアップロードされた死亡診断書を利用して、7月から8月の間にダマスカスでは死亡率が大幅に過小把握されていることを確認しました。この過小把握の度合いは、ダマスカスでの流行が、監視レポートで示されるよりもはるかに後の段階にあることを示しています。2020年9月2日の時点で、ダマスカスではCOVID-19による4,340人(95%信頼区間:3,250~5,540人)の死亡が見過ごされていた可能性があります。ダマスカスはシリアで最も強力な監視が行われている可能性が高いことを考慮すると、これらの結果は、シリアの他の地域でもCOVID-19による死亡率は同等またはそれ以上であった可能性があると考えられます。

ソフトウェアコードや、データ、補足表、分析スクリプト、図表はすべて、こちらのリンク先のR研究概要に掲載されています。https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment

Español - Spanish

15 de septiembre de 2020 - Imperial College London

Informe resumido 31 - Estimación del insuficiente registro de mortalidad por COVID-19: análisis de nuevas fuentes de datos para comprender la dinámica de la COVID-19 en Damasco (Siria)

La pandemia de COVID-19 ha provocado una gran mortalidad en todo el mundo. Sin embargo, hasta la fecha, los países del Oriente Medio y África han notificado tasas de mortalidad sustancialmente más bajas que las de Europa y América. Si bien una hipótesis es que estos países se han «salvado», otra es que las muertes no se han registrado suficientemente (no se han notificado muertes debido a una serie de razones, como, por ejemplo, la capacidad limitada de realización de pruebas). No obstante, la dimensión del insuficiente registro es difícil de evaluar con los datos actualmente disponibles. En este análisis estimamos el posible insuficiente registro de mortalidad por COVID-19 en Damasco (Siria), donde se han notificado datos de mortalidad por todas las causas entre el 25 de julio y el 1 de agosto. Ajustamos un modelo matemático de transmisión de COVID-19 a las muertes por COVID-19 notificadas en Damasco desde el comienzo de la pandemia y comparamos las muertes previstas por el modelo con el exceso de muertes notificadas. Al explorar una gama de diferentes supuestos sobre el insuficiente registro, estimamos que en Damasco solo se notifican el 1,25 % de las muertes por COVID-19 (rango de sensibilidad del 1 % al 3 %). Si se tiene en cuenta el insuficiente registro también se corroboran los informes locales sobre la superación de la capacidad de camas en los hospitales. Para validar la dinámica de la epidemia inferida, aprovechamos los certificados de defunción cargados por la comunidad como fuente de datos alternativa, que confirma el insuficiente registro de la amplia mortalidad que tuvo lugar en Damasco entre julio y agosto. Dicho nivel de insuficiente registro indica que Damasco se encuentra en una etapa mucho más tardía de su epidemia de la que indican los informes de vigilancia. Estimamos que 4340 (95 % IC: 3250 - 5540) muertes por COVID-19 en Damasco pueden haberse pasado por alto a partir del 2 de septiembre de 2020. Dado que es probable que Damasco sea el lugar de Siria que se beneficia de la mayor vigilancia, esos resultados indican que otras regiones del país podrían haber experimentado tasas de mortalidad por COVID-19 similares o peores.

Todos los códigos de software, datos, tablas suplementarias, scripts de análisis y cifras están disponibles en un «R research compendium» en https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment

Français - French

15 septembre 2020 - Imperial College London

Rapport de synthèse 31 - Estimation de la sous-évaluation de la mortalité de la COVID-19 : analyse de nouvelles sources de données pour donner un aperçu de la dynamique de la COVID-19 à Damas, en Syrie

La pandémie de COVID-19 a entraîné une mortalité importante dans le monde entier. Toutefois, à ce jour, les pays du Moyen-Orient et d’Afrique ont fait état de taux de mortalité nettement inférieurs à ceux de l’Europe et des Amériques. Une hypothèse consiste à dire que ces pays ont été « épargnés », mais une autre que les décès ont été sous-évalués (décès non signalés pour diverses raisons, par exemple en raison d’une capacité de tests limitée). Cependant, l’ampleur de la sous-estimation est difficile à évaluer avec les données disponibles à l’heure actuelle. Dans cette analyse, nous estimons la sous-évaluation potentielle de la mortalité liée à la COVID-19 à Damas, en Syrie, où les données de mortalité, toutes causes confondues, ont été communiquées entre le 25 juillet et le 1er août. Nous adaptons un modèle mathématique de la transmission de la COVID-19 aux décès signalés à Damas depuis le début de la pandémie, et nous comparons les décès prévus par le modèle à la surmortalité signalée. En explorant une série de différentes hypothèses relatives à la sous-évaluation, nous estimons que seulement 1,25 % des décès (plage de sensibilité de 1 % à 3 %) dus à la COVID-19 sont signalés à Damas. La prise en compte de la sous-évaluation corrobore également les rapports locaux faisant état de la sursaturation de la capacité des lits d'hôpitaux. Afin de valider la dynamique présumée de l'épidémie, nous utilisons les certificats de décès téléchargés par la communauté comme source de données alternative, ce qui confirme une sous-estimation importante de la mortalité à Damas entre juillet et août. Ce niveau de sous-évaluation suggère que Damas se trouve à un stade beaucoup plus avancé de son épidémie que ne le suggèrent les rapports de surveillance. Nous estimons que 4 340 (IC 95 % : 3 250 - 5 540) décès dus à la COVID-19, à Damas, n’ont probablement pas été comptabilisés à la date du 2 septembre 2020. Damas faisant probablement l'objet de la surveillance la plus rigoureuse en Syrie, ces résultats suggèrent que d’autres régions du pays pourraient avoir connu des taux de mortalité similaires ou plus importants dus à la COVID-19.

Tous les codes logiciels, données, tableaux supplémentaires, scripts d’analyse et illustrations sont disponibles dans un « R research compendium » à l'adresse suivante https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment

Italiano - Italian

15 settembre 2020 - Imperial College London 

Report 31 - Stima della sottovalutazione della mortalità da COVID-19: un'analisi di nuove fonti di dati per fornire informazioni sulle dinamiche di COVID-19 a Damasco, in Siria 

La pandemia di COVID-19 ha provocato una mortalità sostanziale in tutto il mondo. Tuttavia, ad oggi, i paesi del Medio Oriente e dell'Africa hanno riportato tassi di mortalità sostanzialmente inferiori rispetto all'Europa e alle Americhe. Un'ipotesi è che questi paesi siano stati "risparmiati", ma un'altra è che i decessi siano stati sottovalutati (decessi che non sono stati segnalati per una serie di motivi, ad esempio a causa della limitata capacità di test). Tuttavia, il livello di sottovalutazione è difficile da valutare con i dati attualmente disponibili. In questa analisi, stimiamo la potenziale sottovalutazione della mortalità da COVID-19 a Damasco, Siria, dove sono stati riportati i dati sulla mortalità per tutte le cause tra il 25 luglio e il 1° agosto. Adattiamo un modello matematico di trasmissione di COVID-19 ai decessi di COVID-19 segnalati a Damasco dall'inizio della pandemia e confrontiamo i decessi previsti dal modello con i decessi in eccesso riportati. Esplorando una serie di diverse ipotesi sulla sottovalutazione, stimiamo che solo l'1,25% dei decessi (intervallo di sensibilità 1% - 3%) dovuti a COVID-19 siano riportati a Damasco. Una sottostima dei casi corrobora anche segnalazioni locali di superamento della capacità dei posti letto ospedalieri. Per convalidare le dinamiche epidemiche dedotte, utilizziamo certificati di morte caricati dalla comunità come fonte di dati alternativa, che conferma l'ampia sottovalutazione della mortalità a Damasco tra luglio e agosto. Questo livello di sottovalutazione suggerisce che Damasco è in una fase molto più avanzata della sua epidemia rispetto a quanto suggerito dai rapporti di sorveglianza. Stimiamo che 4,340 (95% IC: 3,250 – 5,540) decessi dovuti a COVID-19 a Damasco potrebbero non essere stati rilevati a partire dal 2 settembre 2020. Dato che è probabile che Damasco abbia la sorveglianza più robusta in Siria, questi risultati suggeriscono che altre regioni del paese abbiano sperimentato tassi di mortalità simili o peggiori a causa del COVID-19. 

Tutti i codici software, i dati, le tabelle supplementari, gli script di analisi e le figure sono disponibili in un compendio di ricerca R su https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment. 

 

Arabic - العربية

15 سبتمبر 2020 - إمبريال كوليدج لندن

تقرير موجز 31 - تقدير لأعباء أزمة فيروس كوفيد-19 في دمشق، سوريا: تحليل لمصادر البيانات الجديدة لاستنتاج الوفيات غير المؤكدة.
تسببت جائحة فيروس كورونا المستجد (كوفيد-19) في وفيات كبيرة حول العالم لكن التقارير المنشورة حتى الآن تُظهر أن معدلات الوفيات في بعض بلدان الشرق الأوسط وأفريقيا أقل بكثير مما هي عليه في أوروبا والأمريكتين. تشير إحدى الفرضيات إلى أن بعض هذه البلدان قد تكون "نجت" من الوباء، فيما ترى فرضية أخرى أن أرقام الوفيات لدى البعض الآخر من تلك البلدان غير مؤكدة (بمعنى أنها لم تقم بالإبلاغ عن الأرقام الفعلية للوفيات لأسباب عدة، على سبيل المثال بسبب قدراتها المحدودة في توسيع نطاق الفحص). ومع ذلك، يصعب تقييم الوضع في ضوء البيانات المتاحة حاليًا.

في هذا التحليل، نهدف إلى تقدير نسبة عدم اليقين بشأن حالات وفيات كوفيد-19 في دمشق بسوريا، التي أبلغت عن جميع بيانات الوفيات في الفترة ما بين 25 يوليو و 1 أغسطس. وقد ارتأينا أن نتبنى نموذجًا رياضيًا يقارن ما بين معدل انتقال فيروس كوفيد-19 ووفيات كوفيد-19 المبلغ عنها في دمشق منذ بداية الوباء، ومن ثم تقدير الوفيات المتوقعة باستخدام النموذج للتوصل إلى حجم الوفيات غير المبلغ عنها. وباستكشاف مجموعة من الافتراضات المختلفة حول حالة عدم اليقين، نقدر أنه تم الإبلاغ عن 1.25% فقط من الوفيات (نطاق الدقة 1% - 3%) الناجمة عن فيروس كوفيد-19 في دمشق. وما يؤيد صحة حساب حجم حالة عدم اليقين أيضًا التقارير المحلية التي تؤكد تجاوز سعة الأسرة بالمستشفيات. للتحقق من استنتاج ديناميات الوباء، فإننا نعتمد على شهادات النعي التي نشرت محلياً كمصدر بديل للبيانات، وهي بدورها تؤكد حالة عدم اليقين التي أحاطت بعدد الوفيات في دمشق بين شهري يوليو وأغسطس. يشير هذا المستوى من عدم اليقين إلى أن دمشق في مرحلة متقدمة جدًا من إنتشار الوباء تفوق ما تشير إليه تقارير المراقبة. نقدر أن عدد الوفيات الناجمة عن فيروس كوفيد- 19 غير المبلغ عنها في دمشق تصل إلى 4,340 (95% نطاق الثقة: 3,250 – 5,540) حتى تاريخ 2 سبتمبر 2020. وبالنظر إلى أنه من المحتمل أن يكون لدى دمشق مستوى من الرقابة والفحص أقوى من بقية مناطق سوريا، فمن المتوقع أن تكون المناطق الأخرى قد عانت من معدلات وفيات مماثلة أو أسوأ بسبب كوفيد-19.

جميع أكواد البرامج والبيانات والجداول التكميلية ونصوص التحليل والأرقام متوفرة في خلاصة بحثية وافية على https://github.com/mrc-ide/syria-covid-ascertainment.